La Team Plasma est une organisation plus ou moins criminelle ayant vu le jour il y a quelques années à Unova (Unys). Depuis leurs débuts, ils abordent un discours des plus frappants: ils souhaitent la libération de tous les Pokémon. Ces dires, venus bousculer l'esprit de tous les dresseurs de Pokémon, cachaient en fait une réalité bien plus sombre. L'organisation avait en fait des plans tout à fait différent, et son allure d'amie précieuse de toutes les créatures s'avérait fausse. En fait, les véritables desseins de le Team Plasma s'axaient autour de la grande machine économique et gouvernementale construite autour du marché Pokémon. Véritables anarchistes, les membres de l'association criminelle souhaitent voir toute cette structure s'écrouler. Pourquoi donc? Tout le monde n'est-il pas féru des combats à la télévision? De l'animation dans les Arènes? En fait, la Team Plasma désapprouve les subventions coûteuses aux Arènes, toute cette argent dépensée par l'État pour favoriser le milieu Pokémon. Les Centres ne vous reçoivent-ils pas gratuitement? Toute cette économie les déplaît et ils souhaitent la voir en ruines pour instaurer leur propre régime, plus conservateur. Leur beau discours est donc une façade, une façade que certains commencent à prendre conscience.
Malheureusement, il est trop tard.

Aujourd'hui, l'influence de la Team Plasma est des plus fortes. À Unys, certaines Arènes commencent à fermer alors que de moins en moins de dresseurs se décident à débuter leur aventure Pokémon. À Sinnoh et Hoenn, le discours se fait de plus en plus insistant. Seuls Johto et Kanto s'en sortent toujours, mais l'organisation s'y installe déjà, prête à révolutionner la façon de penser dans ces deux régions. Au fond de ce conflit, toutes les valeurs mêmes des individus et de la société sont mises à l'épreuve. Et vous, jeune dresseur, quel chemin emprunterez-vous? Celui de la libération des Pokémon et de la Team Plasma? Celui des résistants? Au fond, le choix repose entre vos mains...